在《火影忍者》的剧情中，小南与长门最后都以死亡告终，但两人并不是在同一场战斗中一起死去，也没有发展成明确的恋爱关系。长门先在佩恩袭击木叶后的忏悔中耗尽生命，小南随后为了守护长门、弥彦留下的遗志以及雨隐村，与带土交战并被杀害。
长门的结局：用生命弥补佩恩造成的伤亡
长门、小南和弥彦从小都是雨隐村的战争孤儿。自来也收留并教导他们忍术后，三人希望通过自己的力量改变饱受战争摧残的世界。弥彦死后，长门逐渐走上了以痛苦制止战争的道路，并以轮回眼操控六具尸体，形成后来被称为“佩恩”的战斗体系。
因此，剧情中需要区分“长门”和“佩恩”。佩恩六道不是六个独立的长门，而是长门在远处操纵的尸体。长门真正的身体长期隐藏在雨隐村附近，因使用轮回眼和外道魔像而变得极度虚弱。佩恩袭击木叶时，表面上是六道在行动，背后的操控者实际上仍是长门。
鸣人与长门交谈后，长门重新想起自己、弥彦和小南最初追求和平的理想。他意识到，自己为了让世界理解痛苦而制造了新的痛苦，弥彦的信念也因此被扭曲。长门最后施展“外道·轮回天生之术”，复活在木叶袭击中死亡的大量村民。
这个术式虽然挽救了木叶受害者，却消耗了长门本就所剩不多的生命力。长门并不是被鸣人直接杀死，而是在完成复活后因查克拉和生命力耗尽而死亡。他把改变世界的希望交给鸣人，也承认鸣人可能找到自己一直没有找到的和平道路。
小南的结局：守护弥彦与长门留下的理想
长门死后，小南带着弥彦和长门的遗体回到雨隐村，并正式脱离晓组织。她不再认同带土利用晓组织和操纵战争的做法，希望让雨隐村保持独立，也想守护两位同伴留下的信念。
带土为了得到长门的轮回眼并确认其遗体所在位置，前往雨隐村寻找小南。小南拒绝向他屈服，主动与带土展开战斗。她利用纸遁制造出大规模爆炸陷阱，甚至准备了足以持续引爆很长时间的起爆符，试图彻底消灭带土。
然而，带土使用伊邪那岐改变了自己被炸死的结果，最终避开小南的杀招并将她击败。小南在战斗中死亡，带土随后夺走了长门留下的轮回眼。她的死亡说明，长门去世后，小南并没有选择妥协或加入新的势力，而是坚持保护同伴的遗志到最后。
小南临终前看到纸片形成的花朵，并将希望寄托在鸣人身上。纸花既与她的忍术和身份有关，也象征着三人年少时对和平的憧憬。弥彦、长门和小南曾经共同追求改变世界，最后却分别以牺牲、忏悔和抵抗的方式结束人生。
小南和长门是什么关系
小南与长门是从小一起长大的战友，也是弥彦组织中的重要同伴。他们共同经历了战争、师徒生活、组织建立和理想破灭。长门失去弥彦后成为佩恩，小南虽然继续协助他，却始终保留着对弥彦最初理念的认同。
正因如此，两人的关系更接近亲密伙伴、同伴和共同理想的守护者，而不是作品明确确认的情侣。原作没有给出小南与长门结婚、相爱或在一起生活的结局。小南对长门的守护，主要来自多年的伙伴情谊，以及她对弥彦和三人共同理想的坚持。
两人结局表达的主题
小南与长门的结局，核心并不是“谁和谁在一起”，而是同一个和平理想在不同道路上的变化。弥彦相信人与人可以通过理解建立和平；长门后来认为，只有让所有人共同承受巨大痛苦，才能暂时阻止战争；小南则在长门死后选择守住最初的信念，不让带土继续利用他们的组织。
长门的死亡代表他承认自己的道路失败，并试图用最后的力量修正错误。小南的死亡则代表她没有背叛同伴，也没有向带土交出长门留下的力量。两人的人生都以悲剧收束，但他们最后留下的意义并不完全相同：长门把希望交给下一代，小南则用行动守护这份希望。
所以，最简洁的答案是：长门在复活木叶死者后因耗尽生命力去世；小南在长门死后与带土决战，因带土使用伊邪那岐而败亡。两人没有共同生活或正式恋爱结局，他们的最终联系，是对弥彦遗志和和平理想的共同守护。
